Depuis février 2017, le laboratoire de l’hôpital du Scorff à Lorient, membre du Groupe Hospitalier Bretagne Sud, accueille des automates et panels de l’approche syndromique rapide BIOFIRE®. En cinq ans, l’utilisation de ces tests a évolué et s’est élargie, pour bénéficier à davantage de services cliniques et de patients.
« Quand nous avons installé le premier système BIOFIRE®, nous voulions avant tout disposer d’une technique de PCR pour traiter et rendre des résultats rapidement sur des prélèvements urgents comme les liquides céphalo-rachidiens »
se souvient la biologiste Dr Séverine Haouisée.
« C’était une demande forte des cliniciens pour raccourcir les délais et libérer les patients qui n’avaient pas besoin de rester à l’hôpital, comme dans les cas de méningites à Entérovirus. »
surligne la biologiste Dr Marie-Estelle Cariou.
Nous avons intégré d’emblée dans notre routine le panel Méningite/Encéphalite et le panel respiratoire, ce qui nous a permis d’internaliser des analyses auparavant sous-traitées aux laboratoires de Vannes et Quimper, une organisation qui demandait 24 à 48 heures d’attente.
Si la fiabilité et la rapidité des tests ont pesé dans le choix de cette solution de biologie moléculaire, la simplicité d’utilisation a également été un argument majeur.
« Avant l’automate BIOFIRE®, nous avions d’un côté un système pour l’extraction et de l’autre un système dédié à l’amplification. La plateforme BIOFIRE® FILMARRAY® est le premier système de biologie moléculaire intégrée « tout en un » au sein du laboratoire. Son utilisation simple facilite la formation des équipes, ainsi que la gestion des réactifs et des prélèvements. »
Dr Haouisée
Une solution qui s’intègre facilement dans la relation biologiste-clinicien
Au CH de Lorient, les tests BioFire sont réalisés 7 jours sur 7 de 8h à 20h, au coup par coup. « Le système BIOFIRE® FILMARRAY® TORCH® est connecté au SIL, permettant une transmission directe des résultats sur le serveur de l’hôpital après validation au laboratoire, poursuivent les biologistes. « Les cliniciens voient les résultats en direct et nous appelons systématiquement les services pour tous les tests PCR. »
Si la plateforme réalise l’analyse en une heure, les cliniciens ont accès aux résultats en deux heures environ, en fonction notamment du temps d’acheminement des échantillons jusqu’au laboratoire.
« Au début de l’intégration de la technique BioFire, nous avons expliqué à nos cliniciens en quoi cette analyse moléculaire différait des techniques conventionnelles de bactériologie (résultats semi-quantitatifs en copies/mL versus UFC/mL, identification génotypique versus phénotypique). Nous discutons régulièrement avec nos cliniciens les résultats de la PCR par rapport à la culture qui arrive plus tard. »
expliquent les biologistes.
Dr Guillaume Grillet, chef du service de réanimation de l’hôpital, confirme la facilité d’intégration des tests dans sa pratique, dans un contexte de proximité entre les équipes : « un ou une biologiste est présent(e) au « staff » hebdomadaire du service. Nous collaborons étroitement et nous appelons en cas de questions, dans un sens comme dans l’autre. »
À chaque panel une utilisation bien spécifique
Après le BioFire Meningitis/Encephalitis Panel et BioFire Respiratory Panel, l’équipe du laboratoire hospitalier s’est équipée d’autres tests : le panel Gastro-Intestinal et le panel Pneumonia. Même si la prescription est ouverte à tous les services, certains en ont plus besoin par rapport à l’intérêt clinique de chaque panel :
- Le panel Méningite-Encéphalite est prescrit le plus souvent par les urgences, puis les infectiologues et les services de pédiatrie et de neurologie. « À l’introduction de ce panel, nous avons été vigilants et demandé une fiche de renseignements pour justifier chaque demande, précise Dr Haouisée. N’ayant pas observé de prescriptions abusives, les services peuvent désormais le prescrire librement. »
- Le panel Respiratoire est prescrit quasi- exclusivement par le service de pédiatrie. (cf. encadré) .
- Le panel Gastro-Intestinal est plus rarement utilisé, en premier lieu pour confirmer des tests de détection de Clostridium. « Ce panel est utile chez des patients immunodéprimés, des greffés rénaux notamment en cas de suspicion de cryptosporidies, pointe Dr Haouisée. Dans quelques cas, il nous a aussi permis de révéler la présence de shigatoxines chez des enfants. » Ce panel n’est pas ouvert à la prescription. Ce sont les biologistes qui prennent l’initiative de le réaliser sur les dossiers compliqués, en cas d’errance diagnostique ou de réadmission de l’enfant à l’hôpital.
- Le panel Pneumonia est quant à lui davantage demandé par les services de réanimation et de pneumologie.
Le panel Pneumonia au service de différentes typologies de patients
En réanimation précisément, Dr Guillaume Grillet revient sur son utilisation du panel Pneumonia. « Nous avons le recours à la PCR multiplexe en cas de dégradation du patient ou lors d’un évènement aigu comme par exemple l’apparition du syndrome inflammatoire ou un besoin accru en oxygène. En terme de type d’échantillon, nous réalisons le plus fréquemment les prélèvements distaux protégés (CombiCath) ou la fibroscopie (LBA) pour explorer la sphère respiratoire. »
Les réanimateurs s’appuient sur le BioFire® Pneumonia plus panel pour plusieurs indications : Pneumonie Acquise sous Ventilation Mécanique, Pneumonie Associée aux Soins majoritairement, Pneumonie Aiguë Communautaire chez les patients immunodéprimés et/ou fragiles. Les résultats sont interprétés en association avec l’examen direct.
« Pour le choix du traitement, nous prenons en compte l’examen direct s’il détecte plus de type de germes que le test PCR, nous permettant de couvrir les trous du panel » explique le réanimateur. A l’inverse, si la PCR révèle plus de types d’agents infectieux, c’est elle qui nous guide. Cela nous permet d’adapter l’antibiothérapie pour être le plus pertinent possible, tout en essayant de cibler la thérapeutique. »
Dr Guillaume Grillet
Le CH de Lorient se situe dans un contexte régional particulier de faible résistance aux antibiotiques à large spectre1 et de recours très rare aux carbapénèmes.
« En cas de PAVM chez les patients « chroniques », nous attendons les résultats de la PCR multiplexe pour initier une antibiothérapie à chaque fois que le contexte clinique rend cette attente possible. La rapidité de cette méthode est un argument fort pour attendre. »
De manière générale, l’initiation de l’antibiothérapie (avant ou après les résultats de la PCR et de l’examen direct) dépend de la gravité du patient.
De plus, depuis la pandémie de COVID-19, le panel Pneumonia permet de suivre « l’écologie » du patient au long cours. « Avec cette pandémie, nous avons de nombreux patients hospitalisés plusieurs semaines ou plusieurs mois, avec un terrain de maladie hématologique, d’immunodépression, et qui reçoivent de fortes doses de corticoïdes. Nous avons pris l’habitude de tester un prélèvement par semaine pour connaître la colonisation de ces patients et déceler les infections au plus tôt. » Les échantillons sont analysés à la fois en culture et avec le BIOFIRE® Pneumonia plus Panel.
Une innovation qui change la temporalité de la bactériologie
Pour les cliniciens, la possibilité d’avoir des résultats de test bactériologique rapidement est une révolution.
« J’aime utiliser des outils innovants, reconnaît Dr Grillet. Et c’est aussi satisfaisant pour nos patients. Nous passons notre temps à essayer d’obtenir des réponses pour avancer et traiter au mieux nos patients. La bactériologie, est le seul examen complémentaire que nous demandons fréquemment et pour lequel les résultats sont parfois tardifs. C’est très frustrant ! Les tests PCR nous permettent parfois de faire l’histoire du patient plus vite, d’avoir un diagnostic précis en quelques heures et d’initier rapidement la meilleure thérapeutique. Ils placent la bactériologie dans une temporalité qui n’est pas la sienne habituellement. »
Dr Grillet
Le panel Respiratoire en pédiatrie
Avec la pandémie de COVID-19, les tests de biologie moléculaire par PCR sont presque devenus des analyses de routine et les cliniciens ont pris l’habitude de les prescrire. L’équipe bretonne a ainsi utilisé le BIOFIRE® Respiratory 2.1plus panel comme test/screening de première intention pour les enfants qui se présentaient à l’hôpital avec des symptômes respiratoires cet hiver. Le tout dans un contexte de grippe tardive et de recrudescence de bronchiolite à métapneumovirus. « Le panel Respiratoire a servi à cadrer la prescription, décrypte Dr Haouisee. Il permet d’éviter de prescrire des antibiotiques en cas d’infection virale mais aurait plutôt vocation à être réservé aux formes potentiellement graves. » Ce panel respiratoire, ainsi que le panel Méningite/Encéphalite ont leur place dans la lutte contre l’antibiorésistance.
Le laboratoire de biologie médicale de l’hôpital du Scorff
- Effectif : 47 ETP techniciens et 7 ETP biologistes
- Ouverture du laboratoire: en continu 7J/7 et H24
- Activité annuelle (2021) : 48 millions de B (site de Lorient)
1. https://cpiasbretagne.chu-rennes.fr/CPias-Bretagne/pdf/ATB/Donnees/ATB_Resistance_4.pdf