Paru le 19 juin 2021, un arrêté autorise désormais les laboratoires privés à réaliser le séquençage des tests COVID positifs.
Les biologistes du laboratoire Oriade Noviale avaient misé sur cette démocratisation du séquençage et conclu un partenariat avec bioMérieux pour se préparer, tant technologiquement que du point de vue du flux de travail, en s’appuyant sur la nouvelle application EPISEQ® SARS-COV-2.
Jusqu’à ce jour, le séquençage était une expertise développée par les laboratoires hospitaliers à la pointe de la technologie. L’épidémie de COVID-19 a sans aucun doute été un levier permettant d’étendre le recours au séquençage aux laboratoires privés. Une vraie complémentarité s’installe désormais.
« Ce sont des activités complémentaires. Les CHU ont un devoir de recherche, ils sont précieux pour leur expertise. Nous, on fait de la routine et du volume, notre rôle consiste à rendre le séquençage accessible, à la portée de tous. »
Alexandre Vignola, biologiste au sein du groupe Oriade Noviale
Désormais, les laboratoires privés pourront donc réaliser deux types d’opérations de séquençage : un séquençage « classique » pour les résultats SARS-CoV-2 positifs et un séquençage interventionnel, déclenché par l’Agence Régionale de Santé (ARS) en cas de cluster. Dans ce cadre, le laboratoire Oriade Noviale est conventionné auprès de l’ARS Auvergne-Rhône-Alpes depuis le 29 juin 2021.
Les laboratoires de biologie médicale en quête d’outils « clés en main »
« Il nous faut des applications clés en main, nous ne sommes pas des CHU ! Nous avons besoin d’apporter la technologie à nos cliniciens et à nos patients le plus facilement possible et avec une exigence de
Alexandre Vignola insiste sur cette différence avec les laboratoires hospitaliers
qualité. »
L’équipe du laboratoire avait déjà entamé une réflexion pour se doter d’une plateforme de séquençage avant la crise sanitaire liée à la pandémie de COVID-19.
« Dans la stratégie de développement du laboratoire, le séquençage est important. Le COVID-19 a représenté une opportunité pour accéder à cette technologie. Avec l’apparition des variants, on a rapidement réalisé que le séquençage était l’outil ultime. On voulait s’équiper car en voyant les chiffres hebdomadaires communiqués par le Centre national de référence, on ne pouvait imaginer qu’il n’y ait pas plus de séquençage en France. »
Alexandre Vignola
Il faut rappeler qu’à ce jour, si les tests RT-PCR de criblage permettent de détecter des variants déjà connus, seul le séquençage génomique permet de les confirmer, de détecter de nouveaux variants émergents et d’en préciser les mutations qui les caractérisent.
bioMérieux partenaire de la mise en place du séquençage
Le laboratoire s’est tourné vers les fournisseurs des plateformes de séquençage les plus répandues. « Nous avons vite compris nos limites en matière de bio-informatique », se souvient le biologiste. Travaillant avec bioMérieux depuis longtemps, les biologistes d’Oriade Noviale ont conclu un partenariat avec l’entreprise, impliquant l’équipe dédiée au séquençage.
« L’accompagnement de bioMérieux a été un outil formidable et un point clé pour nous mettre le pied à l’étrier »,
souligne Alexandre Vignola.
Les équipes de bioMérieux ont aidé le laboratoire Oriade Noviale à chaque étape, notamment pour le choix de la plateforme de séquençage et pour la prise en main de l’application EPISEQ® SARS-COV-2 pour l’identification des variants.
Dans ce contexte, « ce n’est pas compliqué d’intégrer le séquençage. EPISEQ® SARS-COV-2 est une application « plug and play ». On a un seul outil et on est sûrs qu’il est bien géré par une équipe qui a une expérience en infectieux. On ne s’occupe que de la partie biologique et bioMérieux fait le reste. »
Alexandre Vignola
Les interlocuteurs des biologistes ont également été présents pour le choix et l’achat des réactifs, la mise en place du protocole ARTIC dédié au COVID-19 et du flux de travail qui en découle. Enfin, les équipes responsables de l’activité de séquençage ont bénéficié d’astuces de paillasse, un atout non négligeable.
« C’est rassurant de travailler avec une personne qui a déjà techniqué, qui fait un retour d’expérience et conseille »,
ajoute Alexandre Vignola
EPISEQ® SARS-COV-2, une application experte en
bio-informatique et facile d’utilisation
Nouvelle application de traitement de données génomiques sur le cloud, EPISEQ® SARS-COV-2 aide les laboratoires à exploiter les données brutes de séquençage issues des plateformes Illumina, Oxford Nanopore ou Thermo Fischer, et à interpréter leurs résultats. Elle est mise à jour chaque semaine sur la base des nomenclatures internationales Nextstrain et Pango, intégrant notamment les nouveaux variants préoccupants défi nis par l’Organisation mondiale de la santé et les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) américains.
En accord avec la nouvelle stratégie de criblage de mutations d’intérêt, l’application permet aussi d’identifier toutes les mutations dont les mutations d’intérêt E484K, E484Q et L452R, associées à un possible échappement immunitaire.
« Son gros atout, c’est sa facilité d’utilisation, estime Alexandre Vignola. En discutant avec des confrères, je m’aperçois qu’une des différences majeures par rapport à d’autres applications, c’est aussi la puissance de calcul derrière la plateforme. Quand on dépose une séquence, les résultats sont disponibles en quelques minutes ou une heure alors que mes confrères attendent 14 heures. »
« L’après-séquençage » simplifié
L’application fournit aux biologistes un rapport PDF ou Excel séquence par séquence indiquant le lignage du variant, les mutations identifiées sur la protéine Spike ou d’autres protéines, les insertions et délétions, la longueur de la séquence, sa profondeur, le taux de couverture …
Reste aux biologistes à transmettre les données recueillies et l’assemblage du génome réalisé par EPISEQ SARS-COV-2 à trois canaux : l’ARS, le consortium Emergen et l’outil SI-DEP.
Maintenant que le séquençage et l’exploitation des données qui en sont issues sont mises en place au sein du laboratoire Oriade Noviale, Alexandre Vignola souhaite explorer davantage les possibilités de cette technologie.
« bioMérieux a une vision globale de la biologie, analyse-t-il. Et peut nous emmener notamment vers la résistance aux antibiotiques, le microbiote, il y a beaucoup de sujets ! »
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