Automatisation Laboratoire de Microbiologie: un exemple de déploiement

L’année 2018 a été une année importante pour l’hôpital de la Croix Rousse à Lyon puisqu’il s’est doté, en choisissant le leader en microbiologie français bioMérieux, d’un plateau de microbiologie unique en France.

Un projet d’automatisation complète du laboratoire de microbiologie est une véritable aventure humaine. Les deux chefs de projet : Olivier Dauwalder (Praticien hospitalier, responsable du plateau de microbiologie des agents infectieux des HCL à la Croix Rousse) et Jean marc Demartini (Chef de projet déploiement de la chaîne WASPLab® pour bioMérieux) évoquent ensemble cet étroit partenariat pour mener à bien un projet ambitieux et structurant pour le laboratoire :

1. implanter une solution automatisée pour les hémocultures
2. implanter une chaîne d’ensemencement, d’incubation et de lecture virtuelle des milieux de culture.

Vers le laboratoire de microbiologie du 21ème siècle

Des équipes dédiées pour l’accompagnement à l’automatisation

Le déploiement d’une telle chaîne d’automatisation est un projet de grande ampleur qui fait appel à la complémentarité de deux équipes clés pour garantir son succès : une gouvernance et une équipe pluridisciplinaire d’experts qui regroupent des compétences variées (biologistes, techniciens, cadres, référents informatiques côté HCL et MIPS, mais aussi leurs correspondants en miroir côté bioMérieux : les ingénieurs informatiques, les ingénieurs d’application et de support, le spécialiste de la ‘conduite du changement’).

Un chef d’orchestre bioMérieux expérimenté donne le rythme grâce à un planning qui intègre les différentes phases ainsi que des chantiers plus spécifiques.

Les premiers experts à intervenir ont pour objectif de comprendre et de mesurer les contraintes du (futur) laboratoire. Il s’agit de définir les besoins à moyen et long terme pour pérenniser le fonctionnement du laboratoire. Cette phase de collecte des données (typologie des prélèvements, loi d’arrivage, taux de positivité, protocoles de laboratoire, descriptif des postes de travail, plages d’ouverture, planning des ressources humaines et plans du laboratoire) permettra d’apporter une solution « sur-mesure » adaptée à l’activité et au projet du laboratoire de microbiologie.

« Ce n’est pas qu’une simple adaptation du travail en fonction de l’automatisation, c’est repenser entièrement les flux et l’organisation, c’est le passage du numérique à l’argentique »

déclare Olivier Dauwalder.

Une expertise unique pour une automatisation du laboratoire réussie

Les études d’intégration informatique des flux entre les différents instruments ont été menées en collaboration avec les équipes de MIPS Diagnostics Intelligence afin de développer les drivers de connexion pour permettre les tests à l’arrivée des instruments, sans plus de délai.

La gouvernance doit également s’assurer de l’adhésion des équipes à ce projet de grande envergure qui, naturellement amène à des questions sur l’impact qu’il peut avoir sur les équipes : métier, interaction, production … Les équipes techniques du laboratoire doivent se fédérer et adhérer au projet, dans une attente et une préparation positive de ces changements induits par l’automatisation. Cette phase est véritablement cruciale pour aligner les équipes et leur permettre de se projeter vers un avenir différent, en dépassant leurs craintes, tout en entrevoyant les bénéfices du changement technologique. Les ateliers de conduite du changement ont porté ces missions. Ils sont assurés par une experte chez bioMérieux, diplômée en psychologie au travail et en ergonomie mais aussi formée en microbiologie et sur l’instrumentation. Ces compétences uniques permettent aux équipes, par petits groupes d’utilisateurs et de référents, d’appréhender avec sérénité les changements technologiques à venir.

Lorsque les chaînes d’instrumentation arrivent au laboratoire, les ingénieurs support concentrent alors leurs efforts sur des étapes de vérification et de qualification. Cette phase de paramétrage des instruments permet de s’adapter aux besoins des différents postes et de mettre en œuvre l’organisation.

Après toutes les validations sur site, des formations sont organisées au sein des équipes.

La mise en route de la chaîne d’automatisation est un grand jour, qui marque l’aboutissement d’un effort collectif où les équipes (HCL et bioMérieux) attendent avec impatience le ‘go officiel’, celui qui va transformer pendant les prochaines années la valeur médicale du diagnostic au service des patients.

« des solutions d’automatisation toujours plus innovantes pour un diagnostic plus sensible, plus rapide, plus précis »

Les équipes (Copan et bioMérieux) sont présentes physiquement dans le laboratoire durant les jours qui suivent chaque étape de la montée en charge des prélèvements. Le choix des biologistes s’est d’abord porté sur les urines et les BMR, ce qui représentait plus de 40% de la routine. Les prélèvements ont été validés sur la chaîne , par vagues successives, avec des périodes intermédiaires nécessaires à la stabilisation du process. La vague 2 concernait les surveillances de flore et le génital, implémentés en janvier 2018. En mars, c’est au tour des cathéters et des hémocultures, puis en juin : les liquides biologiques et la spermiologie. La fin de l’implémentation des prélèvements a permis en septembre l’automatisation des selles, des prélèvements respiratoires, des biopsies et d’une partie des ostéo-articulaires.

« Au final, c’est 92% des prélèvements qui sont automatisés ».

En conclusion, c’est une belle aventure humaine qui repose sur la contribution de toutes les équipes des hospices civils de Lyon, bioMérieux et Copan. Le plus important est de pouvoir s’appuyer sur un partenariat en toute transparence, pour avancer ensemble dans une implémentation progressive, maîtrisée, sécurisée pour un projet, finalement réussi.

HCL : Hospices civils de Lyon
MIPS  : Société d’informatique de laboratoire
BMR : bactéries multi-résistantes