Résistance aux antibiotiques : combien de morts ?

La résistance bactérienne aux antibiotiques, qui se produit lorsque des changements dans les bactéries rendent les médicaments utilisés moins efficaces, est devenue l’une des principales menaces pour la santé publique du 21e siècle. De fait, la propagation des résistances pourrait rendre de nombreux agents pathogènes bactériens beaucoup plus mortels à l’avenir qu’ils ne le sont aujourd’hui.

Une étude dans The Lancet présente les premières estimations mondiales du poids de la résistance aux antimicrobiens couvrant un ensemble étendu d’agents pathogènes et de combinaisons agent pathogène-médicament. Pour ce faire, les décès et les années de vie ajustées sur l’incapacité (DALY) attribuables et associés à la résistance pour 23 agents pathogènes et 88 combinaisons agent pathogène-médicament ont été estimés dans 204 pays et territoires pour l’année 2019.

L’état des lieux s’est fait sur 5 items : nombre de décès où l’infection a joué un rôle, proportion de décès attribuables à un syndrome infectieux donné, proportion de décès par syndrome infectieux attribuables à un agent pathogène donné, taux, pour un pathogène donné, de résistance à un antibiotique d’intérêt, et excès de risque de décès ou de durée d’infection associé à cette résistance.

Sur la base des modèles statistiques prédictifs, les données quantifient à 4,95 millions (3,62–6,57) les décès associés à la résistance bactérienne aux antibiotiques (RA) en 2019, dont 1,27 millions (intervalle de confiance à 95 % IC 95% 0,911–1,71) de décès attribuables à la RA. Au niveau de la répartition géographique, il a été évalué que la région où le taux de mortalité (tous âges confondus) attribuable à la RA était le plus élevé était l’Afrique subsaharienne occidentale, avec 27,3 décès pour 100 000, et inversement la zone la plus basse l’Australie, avec 6,5 décès pour 100 000.

Les infections des voies respiratoires inférieures ont représenté plus de 1,5 millions de décès associés à la RA en 2019, ce qui en fait la pathologie infectieuse la plus lourde. Les 6 principaux agents pathogènes impliqués dans des décès associés à la résistance (Escherichia coli, suivi de Staphylococcus aureus, Klebsiella pneumoniae, Streptococcus pneumoniae, Acinetobacter baumannii et Pseudomonas aeruginosa) étaient responsables de 929 000 (660 000–1 270 000) décès attribuables à la RA et de 3,57 millions (2,62–4,78) décès associés à la RA en 2019.

Notamment, une combinaison agent pathogène-médicament, S aureus résistant à la méticilline, a causé plus de 100 000 décès attribuables à la RA en 2019, tandis que six autres ont causé chacune 50 000 à 100 000 décès.

Aussi grave que certaines pandémies

Les estimations de cet article confirment que la RA est un problème de santé dont l’ampleur est au moins aussi grande que pour certaines pandémies ou maladies endémiques telles que le VIH ou le paludisme. Elle constitue une menace d’autant plus marquée en Afrique subsaharienne et en Asie du Sud, mais elle est importante dans toutes les régions du globe. On aurait pu s’attendre à ce que le poids de la RA soit proportionnellement plus élevé dans les milieux à ressources élevées, avec une consommation d’antibiotiques plus élevée.

Mais les résultats obtenus sont à la fois fonctions de la prévalence de la résistance mais également de la fréquence des infections critiques sous-jacentes (des voies respiratoires, du sang et abdominales), qui sont plus élevées dans ces régions. A cela s’ajoute la rareté des infrastructures de laboratoire rendant les tests microbiologiques indisponibles, l’utilisation inappropriée des antibiotiques motivée par la réglementation insuffisante et la facilité d’acquisition, l’accès insuffisant aux antibiotiques de deuxième et de troisième intention, et la part importante d’antibiotiques contrefaits ou de qualité inférieure.

Sur tous les décès attribuables à la RA, 6 agents pathogènes intervenaient dans 73,4 % (IC 95 % 66,9–78,8) des décès. Sept combinaisons pathogène-médicament ont causé chacune plus de 50 000 décès, soulignant l’importance d’élaborer des politiques ciblant spécifiquement les combinaisons pathogène-médicament les plus meurtrières.

Plusieurs stratégies d’intervention sont évoquées, se répartissant sur 5 axes principaux.

Premièrement, la prévention et le contrôle des infections demeurent le fondement et la pierre angulaire de la lutte contre la propagation. Il s’agit à la fois de programmes hospitaliers axés sur les infections nosocomiales et de programmes communautaires axés sur l’eau, l’assainissement et l’hygiène (particulièrement dans les pays en voie de développement où la RA est la plus élevée et où les infrastructures d’eau potable et d’assainissement sont faibles).

Deuxièmement, la prévention des infections par la vaccination est primordiale pour réduire le besoin d’antibiotiques. Actuellement des vaccins sont disponibles pour un seul des 6 principaux agents pathogènes (S pneumoniae), bien que des recherches soient en cours pour S aureus et E coli entre autres. D’autres vaccins, tels que ceux contre la grippe ou le rotavirus, jouent également un rôle dans la prévention des maladies fébriles, ce qui peut entraîner une réduction de la prescription d’antibiotiques ipso facto.

Troisièmement, la réduction de l’exposition aux antibiotiques non liés au traitement des maladies humaines est un autre levier possible pour réduire les risques. En effet l’utilisation accrue d’antibiotiques dans l’agriculture a été identifiée comme un contributeur potentiel à la résistance aux antimicrobiens chez l’homme (bien que le lien de causalité direct reste controversé).

Quatrièmement, minimiser l’utilisation d’antibiotiques lorsqu’ils ne sont pas indispensables, comme pour le traitement des infections virales, devrait être une priorité. À cette fin, la mise en place d’infrastructures ayant pour but d’aider les cliniciens à diagnostiquer l’infection avec précision et rapidité pourrait participer à améliorer cette gestion responsable des antibiotiques. Enfin, le développement de nouveaux antibiotiques, et l’accès aux antibiotiques de deuxième intention dans des endroits où l’accès n’est pas généralisé, pourra permettre de proposer de nouvelles alternatives en cas d’impasse thérapeutique par RA.

En somme, cette analyse souligne bien que la RA requiert un plan mondial coordonné pour faire face au fléau.

Anne-Céline Rigaud