PCR multiplex : un outil d’épargne antibiotique chez le patient immunodéprimé ?

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En France, la tendance à la réduction des consommations d’antibiotiques dans les établissements de santé observée entre 2016 et 2019 ne s’est pas confirmée en 2020 sous l’effet de l’épidémie de Covid-19¹. C’est en particulier dans les services de réanimation que les consommations les plus importantes sont observées.
À l’occasion du congrès de la Société de Réanimation de Langue Française (SRLF) qui s’est tenu en juin 2022 à Paris, le duo réanimateur et infectiologue a partagé leurs bonnes pratiques avec la PCR multiplexe BioFire dans les pneumonies associées aux soins (Partie 1) et chez le patient immunodéprimé (Partie 2).

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Partie 2 : PCR multiplex : un outil d’épargne antibiotique chez le patient immunodéprimé ?

Dr Romaric LARCHER
Service de Médecine Intensive – Réanimation, CHU de Montpellier et Service des Maladies Infectieuses et Tropicales, CHU de Nîmes

Le Dr. Romaric Larcher est infectiologue et réanimateur, il s’est concentré sur les problématiques des patients immunodéprimés. « Les patients immunodéprimés sont particulièrement fragiles, exposés aux bactéries multi-résistantes, à des traitements antibiotiques large spectre et de plus en plus souvent admis en réanimation », résume-t-il.

Pour présenter les défis du diagnostic des pneumonies chez ces patients, Dr Romaric Larcher a présenté le cas d’un patient de 64 ans, transplanté rénal depuis sept ans pour une néphropathie vasculaire (créatinine de base à 145 µmol/L soit un DFG à 44 mL/min), ayant pour antécédents 3 épisodes de pyélonéphrite aiguë du greffon. Le dernier épisode a été traité par levofloxacine il y a 4 mois. La documentation microbiologique était un Escherichia coli TRI (TEM résistant aux inhibiteurs). Il s’agit, par ailleurs, d’un patient hypertendu, qui présente une cardiopathie ischémique et a fait des carcinomes basocellulaires. Il est sous traitement immunosuppresseur et traitement habituel pour sa cardiopathie.

Dyspnéique depuis une semaine malgré l’instauration d’un traitement diurétique par le médecin traitant, il est adressé aux urgences. Il est subfébrile à 38°C et devant l’oxygénorequérance à 3L/min, il est hospitalisé.
Les tests PCR Covid, grippe, VRS sur l’écouvillon nasopharyngé et l’antigène urinaire de légionelle, prescrits aux Urgences, s’avèrent négatifs. Il est mis sous amoxicilline – acide clavulanique.

Son état va se dégrader après 48 heures d’hospitalisation et il va être admis en réanimation.

Son tableau clinique :

• Température : 38,7°C
• Conscient, ralenti, asthénique
• Eupnéique sous OHD 60L/min et FiO2= 60%
• Crépitants fins dans tous les champs pulmonaires
• Pas d’autres défaillances (notamment hémodynamique)

Son échographie transthoracique : ne montre aucune anomalie notable, aucun signe d’élément en faveur d’une surcharge volémique, mais des lignes B diffusent des deux champs pulmonaires sans épanchements pleuraux.

Son bilan biologique :

• Globules blancs : 13 G/L – PNN : 10,2 G/L – Lymphocytes : 1400 G/L – Eosinophiles : 0,01 G/L
• Hémoglobine 12 G/L – Plaquettes 500 G/L
• Créatinine : 170 µmol/L
• Ionogramme sans anomalie en dehors d’une légère hyponatrémie à 133 mmoL/L
• ASAT 64 UI/L et ALAT 39 UI/L
• CRP : 128 mg/L, PCT : 2,2 ng/mL
• Gaz du sang artériel : pH 7,37 pO2 76 mmHg pCO2 37 mmHg Bicarbonate 21 mmoL/L
• Acide lactique 1,6 mmoL/L
  
  Son scanner thoracique :

Quels éléments de la littérature scientifique peuvent aider à guider la prise en charge ?

• Une étude française¹ s’est intéressée à 200 patients transplantés rénaux qui ont été admis en réanimation pour une insuffisance respiratoire aigüe. Au-delà de 6 mois après la transplantation, dans deux cas sur trois, des infections sont à l’origine de cette détresse respiratoire. En cause : beaucoup de pneumonies bactériennes (32%), des syndromes de détresse respiratoire aiguë (SDRA) extra pulmonaires (13%), puis des infections fongiques opportunistes [pneumocystose (13%), aspergillose (1%)] et les pneumonies virales (2%).
• A cette variété de causes d’insuffisance respiratoire aiguë, s’ajoute la variété de l’écologie bactérienne des patients transplantés rénaux, qui est constituée principalement de Pseudomonas aeruginosa, Streptococcus pneumoniae, Staphylococcus aureus, Legionella pneumophila et H.influenzae.² Si on suit les recommandations internationales pour la prise en charge du Sepsis et du Choc Septique « Surviving Sepsis Campain» de 2021³, ce patient greffé rénal, ancien hémodialysé, est à risque d’infection à Staphylococcus aureus résistant à la méthicilline (SARM), même si la prévalence est faible en France… Mais aussi par des bactéries multi-résistantes, puisqu’il a reçu des antibiotiques dans les 90 jours…
• Il est aussi nécessaire de garder à l’esprit qu’il faut aller vite et ne pas se tromper dans le choix des molécules ! Une étude allemande⁴ récente rapporte que pour les malades en sepsis ou en choc septique, plus on attend pour mettre en place le traitement anti-infectieux efficace, plus la mortalité augmente (de 0,42 % par heure). Une situation particulièrement vraie pour les personnes immunodéprimées, notamment les neutropéniques fébriles…
  Cette situation va aboutir à une antibiothérapie à large, voire très large spectre et peut-être que certains ajouteront un antifongique. On a donc tout intérêt à réaliser des prélèvements microbiologiques pour pouvoir guider le traitement au plus vite.
• L’étude randomisée contrôlée du Pr Azoulay⁵ sur les patients d’onco-hématologie présentant une insuffisance respiratoire aigüe, apporte 2 enseignements majeurs. Premièrement, la réalisation d’un prélèvement invasif type LBA en réanimation chez ces patients n’augmente ni le recours à l’intubation, ni la mortalité à 28 jours. Néanmoins, ce type de prélèvement n’améliore pas le rendement diagnostique. C’est le 2^ème message clé. En effet, la proportion de malades sans diagnostic est identique entre les patients ayant un LBA et ceux ayant des prélèvements « non-invasifs » (21.7 vs. 20.4%; différence, -1.3% [IC : -10.4 to 7.7])⁵« Ce travail nous incite à plutôt ne pas faire le LBA chez ces patients » commente le Dr Larcher.
• La situation est peut-être un peu différente chez l’insuffisant rénal, dans la mesure où la documentation microbiologique par LBA chez ce type de patient immunodéprimé semble supérieure (67% des LBA positifs)⁶ par rapport aux patients d’onco–hématologie (34% des LBA positifs)⁵. De plus, selon l’étude de Reichenberger, 22% des LBAs sont polymicrobiens chez les greffés rénaux.⁶ Les causes sont souvent intriquées dans les insuffisances respiratoires aiguës de ces patients. Le CMV et Pneumocystis sont le plus fréquemment retrouvés dans des co-infections avec des bactéries. Cela rend le concept de la PCR multi-cible particulièrement intéressant, même s’il y a pour le moment des limites en termes de composition du panel disponible…

Quelles décisions cliniques ?

Devant ce patient avec une défaillance respiratoire sévère et le retentissement neurologique de l’infection, l’antibiothérapie probabiliste qui a été initiée avant le lavage broncho-alvéolaire était : TAZOCILLINE + AMIKACINE + BACTRIM.

Les résultats de l’examen microscopique du LBA (nombre de cellules à 4 000 000/mL, nombre d’hématies à 18 000/mL, examen direct négatif) ne permettent pas de changer l’attitude thérapeutique.

« Dans le cas de ce patient, un test PCR multiplexe est particulièrement intéressant, estime Romaric Larcher. En l’occurrence, le BioFire^® Pneumonia plus panel a mis en évidence une légionelle alors que le patient avait une antigénurie négative. Ce résultat change la vision du dossier et permet d’adapter l’antibiothérapie. »

Le BioFire Pneumonia plus panel pour le malade immunodéprimé

« C’est un panel très facile d’utilisation, que nous pouvons aussi utiliser sur des prélèvements non-invasifs du type crachats. C’est intéressant pour le malade immunodéprimé car on ne va pas forcément lui faire des LBA. En revanche, il nous manque certaines cibles pour cette catégorie de patients, notamment des bactéries Morganella morganii, Citrobacter freundii, Hafnia alvei, Stenotrophomonas maltophilia, des mécanismes de résistances non-enzymatiques ou les céphalosporinases déréprimées (HCase), des virus importants pour l’immunodéprimé (CMV, HSV, VZV, HHV6…) et des cibles fongiques comme Pneumocystis ou Aspergillus. »

poursuit le réanimateur.

« La VPN s’élève à 99,7%⁷ pour les pathogènes du panel, nous aidant dans l’adaptation thérapeutique. Dans les atteintes respiratoires si on ne détecte pas de SARM en BioFire, on peut arrêter la vancomycine ou un autre anti-SARM », illustre le Dr Larcher.

Le gain de sensibilité de la technique PCR par rapport à la culture⁷ et les seuils de détection sont d’autres atouts. « Une meilleure sensibilité est importante car les malades immunodéprimés peuvent faire des infections sans très gros foyers de pneumonies et les seuils des cultures sont souvent inférieurs à ceux des patients immunocompétents. » Une étude menée avec une autre technique PCR multiplexe (Unyvero) sur 522 malades immunodéprimés a mis en évidence une meilleure documentation microbiologique par la PCR multiplexe que par la culture, indépendamment de l’antibiothérapie préalable au LBA et/ou de la présence d’infiltrat pulmonaire à la radiographie.⁸

Le Dr Larcher conclut sur la publication du Pr Azoulay – l’étude EFRAIM (2017)⁹.

Le recours à l’intubation grève le pronostic des malades immunodéprimés. Parmi les facteurs associés au recours à la ventilation mécanique invasive, on compte l’âge, le score SOFA à l’admission en Réanimation, le rapport PaO2/FiO2, qui sont des grands classiques. Un point notable, c’est l’impact de l’étiologie de l’insuffisance respiratoire aiguë : la pneumocystose et l’aspergillose sont de mauvais pronostic, mais le fait de ne pas identifier l’étiologie aussi.⁹

“L’absence d’identification de l’étiologie de l’insuffisance respiratoire aiguë augmente le taux de l’intubation et donc probablement la mortalité.^9 » souligne le Dr Larcher.

« On peut donc penser qu’il y a un intérêt à se donner un maximum de moyens pour avoir le diagnostic étiologique de l’insuffisance respiratoire aiguë pour espérer en améliorer le pronostic chez les malades immunodéprimés. Il faut une approche « bundle » : clinique, radiologique et microbiologique où les tests PCR ont évidemment leur place. Une place qui devrait grandir à l’avenir. »

conclut le Dr Larcher.