Biologie hospitalière

D’après la participation du Pr Bruno Lina, au webinaire du 25 juin 2020 organisé par bioMérieux. Le Pr Lina est responsable du Centre National de Référence des virus des infections respiratoires, et du laboratoire de virologie du CHU de Lyon.

Alors que le déconfinement s’accompagne d’une hausse massive des tests de dépistage du SARS-CoV-2, le Pr Bruno Lina nous fait part de son expertise sur ces tests diagnostiques, et de son recul quant au pronostic des patients infectés, en fonction de leur charge virale et de leur réponse immunitaire.

Identifié depuis le début du mois de janvier, le virus SARS-CoV-2 présente « une forme ronde caractéristique des coronavirus et un halo de protéines virales spécifiques rappelle le scientifique. Il se lie à l’épithélium cellulaire et fait preuve d’une réplication très efficace ». Bien que fortement répandu à travers le monde, sa séquence génétique ne semble pas avoir subi d’évolution majeure. De faibles variations génétiques ont toutefois favorisé l’émergence de clades ou lignages, « sans entraîner de conséquence en termes de pathogénicité, de transmissibilité, ou de spécificité de liaison au récepteur », indique le Pr Lina.

Pour confirmer une infection à SARS-CoV-2, le test recommandé est le frottis nasopharyngé suivi d’une analyse par RT-PCR. Contrairement aux autres coronavirus, le virus SARS-CoV-2 est détectable très précocement. Sa concentration virale décroît ensuite rapidement jusqu’à devenir négative chez les patients, en général une dizaine de jours après le début des symptômes. Certains patients ont une concentration virale qui persiste plus longtemps, et cela est associé à la sévérité de l’infection.

« Chez certains malades, il est également possible de détecter le virus dans les fèces et le sang, l’infection étant alors présumée sévère dans ce dernier cas ».

Concernant la réponse immunitaire, les premiers jeux de données montrent, pour les cas sévères, un défaut de production d’interféron-alpha dans le sang, entraînant des conséquences négatives sur le contrôle du virus par le système immunitaire. À l’inverse, des concentrations très élevées d’interleukine 6, de D-Dimères et de troponine sont détectées dans le sang de ces patients et constitueraient des biomarqueurs de mauvais pronostic.

Les anticorps (IgG, IgM) apparaissent 5 à 8 jours après les premiers symptômes.  Certains anticorps ciblent la nucléocapside, d’autres la protéine S (Spike) qui permet au virus SARS-CoV-2 de se fixer, via un domaine de liaison (receptor-binding domain, RBD), à un récepteur membranaire présent à la surface des cellules cibles (ACE2). Les anticorps neutralisants ciblent la protéine S (Spike). Comme pour le SARS, l’apparition rapide de taux élevés d’anticorps neutralisants semble corrélée à la sévérité de la maladie.

« Le premier facteur de risque associé à la mortalité du COVID-19 demeure l’âge ».

Pr Lina

« Le premier facteur de risque associé à la mortalité du COVID-19 demeure l’âge », conclut le Pr Lina, qui incite à un dépistage massif dans les maisons de retraite lorsqu’un cas est présent. Les plus de 80 ans auraient ainsi 12 fois plus de risque de mourir que la tranche d’âge 50-60 ans. La probabilité plus élevée de décès pour le sexe masculin a également été démontrée.

L’interaction entre le virus et la réponse immunitaire de l’hôte dans les infections devra être explorée plus avant pour permettre le développement d’un vaccin efficace contre le virus du SARS-CoV-2 et aider à contrôler l’épidémie de COVID-19, notamment en cas de seconde vague. Mais pour l’heure, plusieurs questions demeurent, comme la durée de persistance des anticorps, l’absence d’infection des enfants, la possibilité de réservoirs viraux, la durée de circulation du virus et son interaction avec d’autres virus saisonniers tels que la grippe.

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