diagnostic moléculaire

Retour d’expériences de l’hôpital Saint Louis (AP-HP) chez les patients graves COVID-19

Dr François DEPRET, Service d’Anesthésie-Réanimation et Centre de Traitement des Brûlés, APHP St Louis

A l’hôpital Saint Louis (APHP), le BioFire® FilmArray® Pneumonia plus (PNplus) Panel a été utilisé pendant la première vague SARS-CoV-2 pour des patients COVID-19 admis en Réanimation.

« Dans ce contexte sanitaire particulier, nous faisions face aux 3 problématiques :

  • Il s’agissait des patients graves pour qui il était difficile d’éviter une antibiothérapie probabiliste
  • Nous étions en manque de médicaments, notamment d’antibiotiques. Il a fallu réfléchir sur des stratégies d’épargne d’antibiotiques.
  • Le laboratoire, pour des questions de protection du personnel, avait décidé de ne pas réaliser un examen direct sur des prélèvements pulmonaires. Il a fallu donc penser à des méthodes alternatives pour avancer sur le diagnostic microbiologique des surinfections bactériennes chez ces patients. » témoigne l’anesthésiste-réanimateur Dr Dépret.

Les LBA ont été réalisés en aveugle afin d’éviter le recours à la fibroscopie bronchique (BBAL = blind bronchoalveolar lavage), dans une stratégie de protection du personnel médical. BBAL a été fait systématiquement à l’admission si patient déjà ventilé ou dès l’intubation du patient ou en cas de dégradation.

« Le BioFire® FilmArray® PNplus Panel a attiré notre attention pour le diagnostic microbiologique des pneumonies en Réanimation car il couvre des bactéries fréquemment retrouvées dans les pneumonies précoces, ainsi que le large panel des bactéries responsables des pneumonies tardives (entérobactéries, non-fermentants) »

explique le Dr Dépret

Entre le 20 Mars 2020 et le 15 Avril 2020, 54 patients COVID-19 ont été admis en Réanimation de l’hôpital St Louis, dont 49 ont été mis sous ventilation mécanique. Les patients avaient des caractéristiques suivants : l’age de 63 ans environ, Hommes principalement (78%) avec des comorbidités du type HTA, diabète. 65% ont reçu une antibiothérapie avant l’admission. Il s’agissait des malades graves avec les scores de gravité : SAPS II à 37, SOFA à 5, PaO2/FiO2 à 126. Ce dernier, le marqueur de gravité des échanges gazeux dans la pneumonie, indique un SDRA sevère. Un patient sur 2 avait une Insuffisance rénale aiguë.

Pour ces patients, une mortalité en Réanimation s’élevait à 28%, une durée de ventilation mécanique médiane à 12 jours, une durée d’hospitalisation en Réanimation à 12 jours.

Au total, 96 LBAs ont été réalisés en aveugle sur 43 patients.

Sur le plan du diagnostic microbiologique, l’équipe de microbiologie de l’hôpital St Louis a évalué les performances et le délai de rendu des résultats du BioFire® FilmArray® PNplus Panelversus la culture conventionnelle chez ces patients COVID-19 sous ventilation mécanique ayant au moins 1 LBA en aveugle.

Le BioFire® FilmArray® PNplus Panel a détecté ≥ 1 pathogène(s) dans 32% (31/96) de BBAL (collectés chez 18 patients) versus Culture 35% (34/96) de BBAL (20 patients). 

Selon une analyse univariée, comparant des patients COVID-19 avec une pneumonie bactérienne versus ceux sans surinfection bactérienne, les patients avec une pneumonie bactérienne avaient plus souvent un SDRA et une Insuffisance Rénale Aiguë, les durées de ventilation mécanique et d’hospitalisation en Réanimation étaient plus longues (Tableau 1). Les 2 derniers critères sont à interpréter avec précaution, avec un biais potentiel de survie.

COVID-19 pneumonies
Tableau 1. Comparaison des patients COVID-19 avec une pneumonie bactérienne versus patients COVID-19 sans pneumonie bactérienne. Une analyse univariée.

Les pneumonies diagnostiquées ont été classifiées de manière suivante : 4 pneumonies communautaires, 1 pneumonie nosocomiale et 15 pneumonies acquises sous ventilation mécanique dont 3 précoces (avant 5 jours de ventilation) et 12 tardives. 12 pneumonies étaient mono-microbiennes et 8 polymicrobiennes.

Le délai de rendu des résultats médian était significativement réduit pour BioFire® FilmArray® PNplus Panel versus culture et AST (5.5h vs 25.9h et 57h respectivement, p<0.001 pour les deux). « Nous obtenons des résultats du panel BioFire de manière beaucoup plus précoce (gain de 20h pour l’ID), ce qui représente un potentiel d’épargne d’antibiotiques de 20h. » constate le Dr Dépret.

Les résultats du BioFire® FilmArray® PNplus Panel étaient concordants avec ceux de la culture pour l’identification des bactéries, démontrant de très bonnes performances du panel : sensibilité à 95%, spécificité à 99%, PPV à 82%, NPV à 100%.​

Nous n’avons retrouvé aucune bactérie atypique ou virus dans notre cohorte de patients COVID-19.

Pour 8 discordants culture positive/ BioFire® FilmArray® PNplus Panel négatif, dans 2 cas les cultures étaient inférieures au seuil (S. aureus, K. aerogenes) et dans 6 cas il s’agissait de bactéries hors panel (4 Citrobacter koseri, 1 Stenotrophomonas maltophilia,Enterococcus faecium).

Selon cette étude prospective monocentrique, la surinfection bactérienne chez les patients COVID-19 admis en Réanimation est fréquente (37%).

« Le BioFire® FilmArray® PNplus Panel nous a permis d’obtenir des résultats microbiologiques fiables plus rapidement, avec possible optimisation d’antibiothérapie initiale, notamment l’arrêt précoce des macrolides. Il faut connaitre les « trous » du panel surtout chez les malades de réanimation, comme par exemple Citrobacter. C’est pourquoi le couplage avec les résultats d’examen direct, que l’on ne réalisait pas pendant la crise, serait très important pour l’optimisation de l’antibiothérapie. La connaissance de l’écologie de son service aide également dans l’interprétation du résultat du panel, ainsi que d’autres données cliniques. »

conclut le Dr Dépret

Quand le BioFire® FilmArray® PNplus Panel est-il prescrit hors patients COVID-19 au Service d’Anesthésie-Réanimation et Centre de Traitement des Brûlés du CHU St Louis ?

« Le panel est particulièrement intéressant dans notre population de grands brûlés qui restent hospitalisés très longtemps en Réanimation, développent de nombreux sepsis, sont exposés aux plusieurs traitements anti-infectieux, avec un risque de sélection de bactéries de plus en plus résistantes.

En pratique, nous prescrivons le BioFire® FilmArray® PNplus Panel en Réanimation chirurgicale pour des patients suspects d’une pneumonie acquise à l’hôpital. Nous avons l’habitude de réaliser le panel essentiellement sur des LBAs.»

ajoute le Dr Dépret

Pour plus d’informations:

Dudoignon E. et al.; Bacterial Pneumonia in COVID-19 Critically Ill Patients: A Case Series. CID 2020

Caméléna F. et al.; Performance of a multiplex polymerase chain reaction panel for identifying bacterial pathogens causing pneumonia in critically ill patients with COVID-19. Diagn Microbiol Infect Dis. 2021 

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