diagnostic moléculaire

Pr Bruno MOURVILLIER, chef de service de Médecine Intensive & Réanimation Polyvalente, CHU Reims

Au cours de la pandémie SARS-CoV-2, le CHU de Reims a mis en place le BioFire® FilmArray® Pneumonia plus (PNplus) Panel.

« Dans notre expérience rémoise, nous avons analysé de manière rétrospective l’ensemble de dossiers des patients COVID-19 qui ont pu bénéficier du BioFire® FilmArray® PNplus Panel (n=46). Nous avons prescrit ce dernier exclusivement pour les LBAs obtenus sous fibroscopie bronchique. Chez 20 patients (sur 46), le lavage broncho-alvéolaire a été réalisé en moins de 48h après admission dans notre service de Réanimation. Dans 13 cas, nous avons observé une négativité du prélèvement qui nous a permis d’arrêter l’antibiothérapie ou pour les patients admis directement en Réanimation et placés sous ventilation artificielle de ne pas initier l’antibiothérapie et de se focaliser sur le traitement du SDRA, en considérant qu’il ne s’agissait que d’une pneumonie virale.

Nous avons identifié par cette technique 3 épisodes de co-infection précoce avec SARS-CoV-2 :

  • 1 cas de Grippe B
  • 1 patient avec H. influenzae (dont la culture a été discordante 104 Streptocoques spp)
  • 1 patient avec S. aureus sensible à la méticilline (SASM) 107 copies/mL (Culture : 106 CFU/mL SASM) » témoigne le Professeur Mourvillier lors des JNIs 2020.

Les réanimateurs étaient confrontés aux 2 problématiques :

  • Patients sous une antibiothérapie probabiliste qui se dégradaient
  • Patients ventilés pour une période prolongée qui développaient une PAVM 

Selon une étude rétrospective multicentrique française, menée sur des patients adultes atteints de PAC, PN et PAVM (Monard et al., Crit Care 2020), l’utilisation précoce du BioFire® FilmArray® PNplus Panel dans le diagnostic de pneumonie avait un potentiel de modifier le traitement empirique dans 77% de cas (123 épisodes de pneumonie sur 159) avec une majorité de désescalade, sur les PAVM en particulier. Les auteurs considèrent que cet outil de diagnostic associé à un avis d’expert pourrait améliorer la qualité de prise en charge et participer à la réduction de l’utilisation d’agents antiinfectieux à large spectre.

« Dans notre expérience rémoise, nous avons réalisé 26 LBA pour des suspicions de PAVM. Notre laboratoire de bactériologie nous rend les résultats d’examen direct 24h/24. Le BioFire® FilmArray® PNplus Panel négatif associé au résultat négatif de l’examen direct, nous a permis de ne pas initier une nouvelle antibiothérapie dans 16 cas, de faire une désescalade par rapport à l’antibiothérapie probabiliste dans 2 cas. Nous n’avons pas constaté de modification de l’antibiothérapie probabiliste dans 4 cas. Nous avons adapté l’antibiothérapie probabiliste de manière précoce dans 4 cas. »

explique le Pr Mourvillier

Dans l’expérience du CHU de Reims, 3 situations de discordance culture positive/ BioFire® PNplus Panel négatif ont été observées. Il s’agissait de pathogènes absents du panel ou en quantité inférieure au seuil (105 Streptocoque ⍺ + 103 SASM, <103 E. faecalis,105 S. maltophilia).

Pour les marqueurs de résistance, nous avons eu 1 discordant : 107 S. aureus résistant à la méticilline en BioFire® FilmArray® PNplus Panel versus 106 S. aureus sensible à la méticilline (SASM) en culture. Cette discordance est restée inexpliquée en l’absence de reliquat de prélèvement permettant une investigation complémentaire. En conclusion de ce retour d’expérience du CHU de Reims, le BioFire® FilmArray® PNplus Panel a eu un apport diagnostique et thérapeutique au cours de la pandémie COVID-19.

« La place précise à donner à cette technologie dans les algorithmes décisionnels reste encore à définir.La PCR multiplexe ne remplacera pas la culture et l’examen direct dans la mesure où certains pathogènes manquent dans le panel et la résistance étant uniquement génotypique. Néanmoins, nous réfléchissons avec notre laboratoire de microbiologie de mettre le BioFire® FilmArray® PNplus Panel en place 24h/24 pour les prélèvements de pneumonies nosocomiales afin d’avoir une antibiothérapie probabiliste plus ciblée. Cet outil pourrait aider au diagnostic quand la suspicion clinique n’est pas très forte et quand l’examen direct va dans le même sens que des résultats du BioFire®. »

conclut le Pr Mourvillier

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